针对国际上转化医学概念的出现以及现代实验技术手段的不断更新，实验教学手段应该为培养应用型和研究应用型人才提供体制和机制保障。改变传统基础医学的实验教学模式，创建“以培养能力为核心，系统化、多层次、多模块、研究型、开放式”、符合研究教学型办学定位的实验教学新体系。通过学科整合，使实验教学内容充分体现科研与教学结合、基础与临床结合、实验教学与创新实践结合的转化医学特点，使实验教学成为既与理论教学相互依托、相互促进又相对独立、自成系统的实验教学体系。
经过多年建设，逐步形成了符合研究教学型办学定位的新型实验教学体系。该体系主要包括依托课程的专业基础实验教学和依托学科的拓展研究性创新实践活动。使实验教学体系类型由单纯的教学型转变为研究教学型。
专业基础实验教学围绕正常与异常结合、健康与疾病结合、功能代谢与调节结合、基础与临床结合的原则开设六个实验教学模块，分别是基于人体解剖学、组织胚胎学的人体结构与胚胎学实验模块；基于普通生物学、细胞生物学、表观遗传学为主体细胞生物学实验模块；基于生物化学、分子生物学及分子免疫学的分子医学实验模块；基于病原微生物学、人体寄生虫学以及病理学的综合形态学实验模块；基于生理学、病理生理学、药理学以及医学心理学的综合机能学实验模块；基于外科手术学与实验诊断学为主体的临床技能实验模块。
依托学科的拓展研究型实验教学主要围绕各学科关注的人类重大疾病及生命现象开展探索研究。学生在这个阶段的实践教学主要以申请学生创新基金、根据兴趣爱好申请指导教师等形式深入到科学研究实验室。这部分的实验教学不受时间和空间的限制，学生自主选择，自由申报。很多学生从一年级起就进入科研实验室。此举还把新生在高中阶段的科技兴趣与爱好延伸到大学，实现了高中教育与本科教育的无缝对接。学生们参与的拓展研究型的创新实践内容包括了药物化学、肿瘤、感染与免疫、信号转导与调节、神经退行性病、心脑血管病发病机制、医学遗传学、大体解剖与断层解剖学、神经生理学等等科研领域。涉及化学、生物学、解剖学、病原生物学、生理学、生物化学、病理学、病理生理学、药理学、医学心理学等医学基础课程。
研究教学型实验教学体系的主要特点是坚持“以生为本”理念，在夯实和强化基础理论、基本技能的同时，注重学生个性化培养，把学生的兴趣与志向与学科的科学研究结合起来，培养学生科研能力与创新思维。使实验教学由传统的验证理论提升到培养创新思维与能力的高度。